Tourné à Tokyo, Nagasaki et sur les îles Goto, le documentaire enquête autour du Dr Takashi Nagai, éminent personnage de la communauté catholique, converti au christianisme peu avant la seconde Guerre Mondiale. A travers ce fil rouge, le film parcourt aussi l’histoire étonnante de la communauté catholique au Japon. La cathédrale d’Urakami, à Nagasaki, est au centre de la vie de ces chrétiens qui vécurent cachés pendant plusieurs siècles, entre les deux vagues d’évangélisation qui se sont succédées au XVIe et au XIXe siècle. La bombe nucléaire a pulvérisé la cathédrale le 9 aout 1945 et la vie du Dr Nagaï, qui dès lors se consacra entièrement à sa communauté. Seule la tête de la statue de la vierge a été retrouvée intacte parmi les décombres de la cathédrale. La madone bombardée, symbole de la tragédie, est aujourd’hui très vénérée.