En 1679 Louis XIV fait commande d’un orgue à deux corps séparés (Grand-Orgue et Positif de dos) à Etienne Enocq. L’orgue est construit en atelier mais les plans définifs de la chapelle royale contraint Robert Clicquot, son successeur, à tout recommencer en 1708, Robert de Cotte, succédant à Mansart, ayant prévu un buffet à un seul corps. Ce dernier reprend la composition de base prévue mais ne peut, faute de place, y envisager quatre jeux “de transport” qui avaient été prévus.
Ces “jeux de transport” étaient ce qu’on appelerait maintenant des “jeux transpositeurs”, accordés au ton de chambre, 1/2 ton plus haut que le ton de chapelle. (Le tempérament inégal obligeait à réaliser des jeux différents, une simple transposition mécanique étant non envisageable). De fait, cet orgue a directement été accordé au ton de “Cour”, 1/2 ton au dessus du ton de Chapelle.
(Le ton de cour a été imposé par Louis XIV afin de l’unifier et de permettre le jeu des instruments avec les orgues).
Inauguré en 1711, l’orgue de Robert Clicquot sonne pour la première fois sous les doigts de François Couperin.