Le puissant Bérenger de Roquefeuil (1448-1530), issu de l’aristocratie du Quercy et du Rouergue, va consacrer plusieurs années de sa vie à faire de Bonaguil la forteresse de légende qu’elle est aujourd’hui. Il dote le château-fort d’une énorme barbacane, de 6 tours dont une est parmi les plus belles du pays, de sept ponts-levis, d’une chicane, d’une casemate, de canonnières et d’une tour moineau percée de meurtrières pour une défense plus incisive encore des fossés. Malgré une situation paradoxale entre Quercy et Périgord, loin des grandes voies de communication, l’architecture magnifique, les proportions gigantesques (le quart en plan de la cité de Carcassonne) et un état de conservation tellement remarquable ont conduit VIOLLET-LE-DUC, Lawrence d’ARABIE ou André BRETON à citer Bonaguil en exemple !
La commune de Fumel se porte acquéreur de Bonaguil en 1860 et le fait classer au titre des Monuments historiques dès 1862.
