Au sein de l’hôtel-Dieu-le-Comte, la pharmacie, ou apothicairerie, est créée lors de la reconstruction de l’hôpital au début du XVIIIe s. Elle demeure dans son état initial, avec ses boiseries en chêne, de style Louis XIV, ses rayonnages chargés de faïences pharmaceutiques, de boîtes médicinales, de verreries et d’instruments divers.
Cette apothicairerie est considérée comme l’une des plus belles de France. Ses nombreuses étagères sont garnies de rares piluliers et albarelli du XVIe s. , de pots-canons et de chevrettes en faïence de Nevers, qui contenaient autrefois les onguents, pilules et autres remèdes.
Sa grande originalité est la présence d’une exceptionnelle collection de boîtes médicinales en bois peint, classée Monument historique en 1958.