L’église de Perse servait d’église paroissiale aux habitants d’Espalion. Dans la charte de 1060, il est écrit qu’elle se trouve in butgo vetulo de Persia (dans le vieux bourg de Perse). Il existait donc un bourg neuf. Une église dédiée au saint Sauveur existait aussi, mais en 1472, les habitants d’Espalion ont obtenu la construction d’une église dédiée à saint Jean-Baptiste à l’intérieur de la ville.
En 1524, l’évêque de Rodez François d’Estaing fait ouvrir le tombeau de saint Hilarian et procède à la translation de ses reliques.