Le château d’Eilean Donan, ou île Donan, tient presque certainement son nom de l’évêque Donan, Saint irlandais du 6ème siècle arrivé en Ecosse aux environs de 580 après J.-C. Plusieurs églises des environs lui ont été dédiées et il est probable qu’il ait formé une petite cellule ou communauté sur l’île à la fin du 7ème siècle.
La construction sur l’île de la première structure fortifiée date du début du 13ème siècle, époque à laquelle elle devait servir de mesure défensive érigée pour protéger les terres de Kintail contre les Vikings, qui auraient réussi à s’emparer d’une grande partie du nord de l’Ecosse et des Îles occidentales, s’y seraient installés et l’auraient même dirigée de l’an 800 à 1266. À partir du milieu du 13ème siècle, cette zone constituait le « Royaume maritime » bien à part des Seigneurs des îles. L’océan était leur voie de transport principale et le pouvoir des chefs de clans, à couteaux tirés, s’évaluait en termes d’effectifs et au nombre de galères dites « birlinns » dont ils disposaient. Eilean Donan présentait tout naturellement les caractéristiques d’une position défensive de choix. Au fil des siècles, le château lui-même s’est élargi puis rétréci. Dotée de donjons et de murs-rideaux d’enceinte couvrant la quasi-totalité de l’île, la mouture médiévale du château fut probablement la plus grande. Le donjon principal dominait le point culminant de l’île.
Vers la fin du 14ème siècle, les terres du château furent réduites à environ un cinquième de leur taille d’origine et bien que le doute subsiste encore sur la raison de cette diminution, elle a sans doute un rapport avec la taille des garnisons à mobiliser pour le défendre.
Le 16ème siècle fut marqué par l’adjonction d’un ouvrage à corne à hauteur du mur est. Il servait de plate-forme de tir aux canons, dont l’utilisation commençait à se répandre. Eilean Donan a également joué un rôle dans les soulèvements jacobites des 17 et 18ème siècles, qui aboutirent à la destruction du château…
En 1719, le château est réquisitionné par 46 soldats espagnols venus prêter main-forte aux Jacobites. Ils avaient établi un dépôt d’explosifs et attendaient d’être ravitaillés en armes et canons d’Espagne. Mis au courant de ces velléités de soulèvement, le gouvernement anglais dépêche trois grosses frégates fortement armées, nommément le Flamborough, le Worcester et l’Enterprise, pour calmer les fauteurs de trouble. Après trois jours de bombardement intensif dont le succès est néanmoins limité par l’énormité des murs du château qui, à certains endroits, font plus de quatre mètres d’épaisseur, Le Capitaine Herdman de la frégate Enterprise finit par envoyer ses hommes sur place pour accepter la reddition des défenseurs espagnols. Après la reddition, les troupes du gouvernement découvrent une réserve de 343 tonneaux de poudre à canon, avec laquelle ils finissent le travail déjà bien entamé par les frégates…
Les ruines austères de Eilean Donan seront ignorées, abandonnées à la merci des éléments pendant près de 200 ans, avant d’être réhabilitées par le Lieutenant Colonel John MacRae-Gilstrap, qui se porte acquéreur de l’île en 1911. Secondé par Farquhar Macrae, son surveillant des travaux, il consacrera 20 ans de sa vie au projet de reconstruction du château Eilean Donan, lui redonnant ses titres de noblesse architecturale. Le château a été reconstruit sur la base du plan de masse subsistant des premières phases, puis officiellement terminé en juillet 1932.